Fernando VII no había tenido descendencia en sus tres primeros matrimonios. A los pocos meses de casarse por cuarta vez, su esposa, María Cristina, quedó embarazada, planteándose abiertamente el problema de la sucesión al trono. Fernando VII queriendo garantizar la descendencia en su futuro hijo o hija hace publicar (1830) la Pragmática Sanción, que eliminaba la Ley Sálica (ley borbónica que impedía reinar a las mujeres) y restablecía la línea sucesoria de las Partidas, favorable a la sucesión femenina. Protestada por los carlistas como un atentado a los derechos del infante don Carlos, se convierte en un conflicto de primera magnitud cuando en octubre nace la infanta Isabel, convertida en heredera. En 1833 Fernando VII murió dejando como heredera a su hija. Su hermano Carlos considerándose el legítimo heredero iniciará su asalto al trono. Comienza así la 1ª Guerra Carlista (1833-40), una guerra civil donde se enfrentaron los absolutistas a ultranza y los liberales.
El movimiento carlista desencadenó tres conflictos armados (los dos primeros durante el reinado de Isabel II) que representaron un grave problema para la estabilidad política de España durante gran parte del siglo XIX.
1ª Guerra Carlista (1833-1840)
Fue la más extensa y destacada de las tres. A lo largo de sus siete años de duración podemos distinguir hasta cuatro fases marcadas por la iniciativa de uno u otro bando (las 2 primeras de iniciativa carlista, las 2 siguientes de iniciativa isabelina) y la considerable cifra de muertos, hasta 200.000 según algunas fuentes:
- La formación del foco de insurrección vasconavarro (1833-35); en la que los carlistas se hicieron fuertes en País Vasco y Navarra de la mano de Zumalacárregui. No obstante, las tropas carlistas no lograron ocupar ninguna zona urbana.
- Al frente del general Cabrera los carlistas ocupan el Maestrazgo e intentarán lanzar incursiones fuera de los núcleos que controlaban. No obstante, el ejército carlista fracasará de nuevo en su intento de tomar Bilbao.
- La iniciativa isabelina y el Convenio de Vergara (1837-39); los isabelinos toman la iniciativa de la mano del general Espartero y los carlistas, fundamentalmente los afines al general Maroto, se muestran cada vez más partidarios de alcanzar la paz. Esta se materializó a través del Convenio de Vergara celebrado entre Espartero y Maroto, el cual supuso el fin de las hostilidades en el País Vasco y Navarra. Carlos María Isidro se exilió a Francia.
- El final de la guerra en el Maestrazgo (1839-40); los enfrentamientos se extendieron algunos meses más en la zona del Maestrazgo, donde el general Cabrera mostró su rechazo hacia el abrazo de Vergara entre Maroto y Espartero. Finalmente este último pondrá fin a la resistencia carlista con la toma de Morella (Castellón).
2ª Guerra Carlista (1846-1849)
Se desarrolló, a diferencia de la Primera, en Cataluña. Su estallido tuvo el pretexto del fallido enlace entre Isabel II y el pretendiente carlista (Carlos VI), unión que probablemente hubiera contribuido a resolver el pleito dinástico entre ambos bandos borbónicos.
La victoria de los cristinos se debió sobre todo a su superioridad material, pese a las penurias económicas, al poco apoyo popular a la causa carlista al sur del Ebro y al nulo respaldo material y diplomático exterior que tuvo Don Carlos. Su derrota y su exilio significaron el definitivo fin del absolutismo. La guerra produjo un descalabro humano y económico enorme, que contribuyó a retrasar aún más el desarrollo del país. Las principales consecuencias de este conflicto fueron:
- La inclinación de la monarquía hacia el liberalismo
- El protagonismo político de los militares que se convertirán en una pieza clave para la defensa del régimen liberal. El recurso abusivo a la práctica del pronunciamiento se convirtió en la fórmula habitual de instaurar cambios de gobierno o de reorientar la política durante todo el reinado.
- Los enormes gastos de guerra situaron a la nueva monarquía liberal ante serios apuros fiscales.